Команда «Кызылкум» — футбольная команда города Навои Навоийской области. Клуб был основан в 1967 году под названием «Прогресс» работниками Навоийского горно-металлургического комбината. На тот момент команда имела статус любительского клуба.
Создание «Прогресса» произошло через 2 года после основания нового города Зарафшана, который должен был стать одним из крупнейших центров золотодобычи не только в Узбекской ССР, но и во всем СССР.
В 1973 году, через год после присвоения Зарафшону статуса города, началось строительство стадиона вместимостью 5000 зрителей. В 1974 году строительство стадиона было завершено и он получил название «Прогресс».
В 1974 году команда «Прогресс» впервые в своей истории приняла участие в чемпионате Бухарской области (на тот момент в ее состав входила территория Навоийской области).
В сезоне 1975 года «Прогресс» занял 2-е место в чемпионате Бухарской области и завоевал право на участие в чемпионате Узбекской ССР среди КФК.
В дебютном матче «Золотоискателей» в 1976 году клуб занял 11-е место из 17 команд, а полузащитник Юрий Гончаров был назван в числе 33 лучших игроков турнира.
В последующие годы «Прогресс» выступал в различных лигах Узбекской ССР, но уровня второй низшей лиги чемпионата СССР так и не достиг.
В сезоне 1981 года клуб назывался «Зарафшон», но в 1982 году ему вернули первоначальное название.
После распада СССР, с сезона 1992 года «Прогресс» начал участвовать в Первой лиге чемпионата Узбекистана. На Чемпионате Узбекистана
В дебютном сезоне в Первой лиге «Прогресс» занял 13 место из 16 команд. В конце 1994 года клуб получил название «Кызылкум» в честь большой пустыни в Средней Азии, занимающей большую площадь на территории Узбекистана (включая Навоийскую область) и Казахстана.
Со 2-й половины сезона 1995 года до середины 1997 года он снова выступал под названием «Прогрес», а со 2-й половины клуб окончательно получил название «Кызылкум».
Зарафшанская команда до 1999 года выступала в Первой лиге, заняла 3-е место и вышла в высшую лигу чемпионата Узбекистана.
В дебютном сезоне Высшей лиги «Кызылкум» занял 11 место (среди 20 команд-участниц). В 2002 году он завоевал бронзовую медаль, и это достижение остаётся высшим результатом в истории клуба.